2031年因維人（Invid）抵達(dá)飽經(jīng)磨難的地球宣布他們對(duì)史前能量擁有占有權(quán)這個(gè)強(qiáng)大而善戰(zhàn)的外星種族武裝力量對(duì)地球守備軍發(fā)起了摧枯拉朽般的攻勢在消滅了一切抵抗力量后占領(lǐng)了地球　　得到消息的瑞克·卡特命令遠(yuǎn)征軍（Robotech Expeditionary Force）艦隊(duì)回航于是龐大的船團(tuán)開始轉(zhuǎn)向在主力艦隊(duì)到達(dá)之前已有數(shù)批先遣隊(duì)搶先對(duì)因維人發(fā)動(dòng)了攻擊然而等待他們的卻只有恐怖和毀滅因維軍隊(duì)輕而易舉就使先遣隊(duì)全軍覆沒　　占領(lǐng)地球的因維人幾乎已到達(dá)進(jìn)化的頂點(diǎn)他們可以根據(jù)環(huán)境的需要隨意改變自己的形象和身體組成甚至可以憑借自身的意志將身體在物質(zhì)態(tài)和能量態(tài)間自由轉(zhuǎn)化但具有諷刺意味的是他們對(duì)史前能量的依賴性是最強(qiáng)的表面上強(qiáng)大的適應(yīng)能力被這致命的弱點(diǎn)牢牢束縛著而擁有生命之花、作為“宇宙中已知最后一塊史前能量聚集地”的地球也就自然而然成為了它們的目標(biāo)　　此時(shí)的人類雖然早已進(jìn)入了星際殖民時(shí)代但無論是在外星殖民地還是遙遠(yuǎn)空間中行進(jìn)的船團(tuán)里所有的人都把地球當(dāng)做是他們的故鄉(xiāng)在他們的心目中地球已經(jīng)成為了一塊圣地是人類文明的象征一方是為了奪回精神寄托另一方則誓死要守衛(wèi)最后的生存空間于是在太陽系第三行星上又一次發(fā)生了兩個(gè)文明之間的激烈碰撞　　遠(yuǎn)征軍先遣隊(duì)的幸存者之一斯科特·博納德在軍隊(duì)全滅的絕望中遇到了其他5名地球上的自由抵抗者危難中他們團(tuán)結(jié)一心組成了活躍在敵人后方的游擊隊(duì)在遠(yuǎn)征軍對(duì)敵作戰(zhàn)的同時(shí)與外星武裝進(jìn)行長年周旋　　漫長的戰(zhàn)斗歲月里游擊小隊(duì)先后遇到了兩位以人類形式出現(xiàn)的因維族女性斯科特與愛麗爾、蘭瑟與希拉的愛情使因維女王瑞吉斯深感人類情感與文明對(duì)她族人的威脅而日益枯竭的史前能量以及陸續(xù)回航的遠(yuǎn)征軍都使她感到地球不再是適宜種族進(jìn)化的久留之地　　第三次宇宙大戰(zhàn)的結(jié)局再次以人類的勝利而告終因維人在瑞吉斯的帶領(lǐng)下向茫茫宇宙的深處飛去少數(shù)人則留下來積極地融入了人類社會(huì)中人類與外星人成功的結(jié)合再次證實(shí)了貫穿系列的主題：“愛能戰(zhàn)勝一切”　　千千萬萬的幸存者從廢墟中站起來重新建造新的家園太空堡壘時(shí)代的歷史到此告一段落也許在今后的日子里人類還將面臨更大的挑戰(zhàn)也許終有一天人類文明也會(huì)步向終結(jié)但只要還有美麗的歌聲只要還有愛這個(gè)宇宙就永遠(yuǎn)不會(huì)寂寞　　在移民船團(tuán)回航的途中暗影堡壘III號(hào)(Shadow Dimensional Fortress Three)失蹤了沒人知道它去向了茫茫宇宙的哪一個(gè)角落……